O processo de criação do CBH Cuiabá - ME teve início no ano de 2004 onde representantes do poder público e da sociedade civil no Município de Cuiabá iniciam a articulação do "pacto pelo Rio Cuiabá". Entre os diversas ações desenvolvidas, destacaram-se os eventos de educação ambiental nas escolas, palestras sobre doenças de veiculação hídrica e discussões envolvendo o tratamento de esgotos na bacia do Rio Cuiabá e sua balneabilidade.

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     As articulações e a mobilização foram desenvolvidas durante um longo período, até que se atingisse a maturidade necessária para um possível encaminhamento da proposta de formação do Comitê ao Conselho Estadual de Recursos Hídricos - CEHIDRO.

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     A proposta de criação do CBH Cuiabá - ME foi aprovada através da Resolução nº 47, de 19/05/2010 do CEHIDRO, conforme publicação no Diário Oficial do Estado de 01/10/2012 data em que foi instituída oficialmente a comissão Pró-Comitê. Coube à comissão, em conformidade com a Resolução 004/2006, encaminhar a documentação e os estudos necessários para a aprovação da proposta de criação do CBH Cuiabá - ME.

 

    Após o cumprimento de todos os requisitos estabelecidos na legislação pertinente, inclusive a aprovação do regimento interno do mesmo pelo CEHIDRO, o CBH Cuiabá - ME foi instituído oficialmente na data de 14/05/2015 por meio da Resolução nº. 77 do CEHIDRO, publicada em 19/05/2015 no Diário Oficial do Estado.

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     Em 22/03/2017, durante a 1ª Reunião Ordinária, aconteceu a posse dos membros do CBH Cuiabá - ME, constituído por representantes do poder público, usuários e entidades da sociedade civil. Em 2023, o CBH ampliou sua área de abrangência e ficou intitulado Comitê de Bacia Hidrográfica do Alto Rio Cuiabá.